有机肥在堆肥前期的升温阶段以及高温阶段主要会杀死植物致病病原菌、虫卵、杂草籽等有害微生物，但此过程中微生物的主要作用是新陈代谢、繁殖，而只产生很少量的代谢产物，并且这些代谢产物不稳定也不易被植物吸收。到后期的降温期，微生物才会进行有机物的腐殖化，并在此过程中产生大量有益于植物生长吸收的代谢产物，这个过程需要45-60天。

经此过程的堆肥可以达到三个目的:

一、是无害化，将有机废物内的生物性或者化学性的有害物质，进行无害化或安全化处理；

二、是腐殖质化，腐殖质化土壤有机质在被分解的过程申，所产生的简单的分解产物，在微生物作用下，产生新的有机化合物—腐殖质。这就是腐殖质化过程，是积累养分的一种形式；

三、是产生微生物代谢产物，微生物在代谢过程中，产生的多种代谢产物，如如氨基酸、核苷酸、多糖、脂类、维生素、抗生素、蛋白类物质等。