生物有机肥实际上是在有机肥料的成品基础上接种微生物复合菌剂而制成。
不同的是在有机肥料冷却筛分后端增加一台溶菌槽，一台扑菌包膜机即可完成生物有机肥的生产全过程。

其生产工艺及设备：原料发酵制备、原料预处理、造粒、干燥、冷却筛分、扑菌包膜、包装、尾气净化处理等流程，与有机肥料生产工艺和设备几乎没有区别。